公元23世纪，人类已经移民到了火星某日，火星出现了一艘外型颇像纸鹤的外星人宇宙飞船，并且还有另一股拥有忍者造型的外星人势力正在追杀它对火星军高压政策不满的少年少女乔、麦克与雷咪，意外地卷入了这场外星人之间的争斗而乔更是启动了连纸鹤船外星人自己都无法驾驶的机械人黑狮子，帮助了纸鹤船上的外星人。之后，乔等人得知，纸鹤船上的外星人来自遥远的拉多利欧星，而该星球正遭受到布姆军的侵略。美丽的拉多利欧星公主罗米娜受到其父指示，带着传说中三台无敌，但却无人能驾驶的机械人前往银河另一端的地球，寻找传说中可以驾驶机械人的忍者一族，以挽救母星的危机。而将自己种族出生率降低的危机，归咎于人们缺乏竞争心，而展开侵略大业的布姆军，则和野心勃勃的火星军司令连手，在以优势大军追杀纸鹤舰之余，也开始准备要染指地球。不过，乔一行人与危急时必然会神秘现身的忍者机械人飞影，自然不会让布姆军的计划得逞。只不过乔与拉多利欧星人彼此的立场冲突，也让这场逃亡与对抗之旅变得更为复杂……