随着Sokovia协议的启动和Hydra组织的败退，神盾局再次合法化，不再需要在暗处行动。世人都相信Coulson已经死了，神盾局需要一位新局长。Coulson干起了特工的老本行，负责追踪并确认超能强化人的存在。他最紧迫的任务是找到Daisy并将她带回来——为了弥补过去的罪恶，她一个人在擅自行动。与此同时May负责训练一支特别突击队，Simmons被提拔为神盾局科学与技术部的特别顾问，Fitz和其他神盾局小组的前队友发现她变得越来越不可信任。