故事发生在圣米海洛夫学园之中，亚历山大（三瓶由布子 配音）是一位脸上有着十字架形圣痕的俄国少年，某日，他同名为织部真冬（藤村步 配音）的平凡少女相遇了。亚历山大背负着沉重的过去，他的姐姐被黄金炼金术师残忍杀害，复仇成为了亚历山大唯一的信念。在亚历山大的带领之下，织部真冬被卷入了炼金术师之间的激烈战斗之中，而她的命运将就此改变。《圣痕炼金士》是部设定相当疯狂的动画片，观众可从中观察到对贪婪自私的讽刺也可看到独立成长的重要性。《圣痕炼金士》完美的诠释了一个美丽的童话，也是一个现实的童话，营造一个光怪陆离的世界，这部动画是导演最出色的佳作。故事简单但打动人心，传递着最为真挚的情感，《圣痕炼金士》有着对爱的探讨，爱作为一种情感，本身很难有一个精确的定义，主角从一开始的冷漠、自私、怯懦，逐渐变成了一个懂爱的女孩，她忍耐、恩慈、包容，这些都是爱所包含的元素。侧面反映出了勇敢的品质会得到奇异世界的尊重。