本片根据松本零士的经典科幻漫画改编或许过去，又或许未来，人类大规模向宇宙殖民。当人口膨胀到五千亿的时候，散落在宇宙各个角落的人类返回故土地球，却引发了伤亡惨重的归乡战争。为了保护地球这片圣地，人类制定了盖亚制裁，约定不许任何人染指这里。可是曾经作为联合舰队舰长的哈洛克却背叛盖亚制裁，驾驶着他的阿尔卡迪亚号高举叛旗，成为逃逸一百年之久的通缉犯。联合舰队长官伊索拉指使自己的弟弟亚马混入阿尔卡迪亚号，探寻尼伯龙根人发明的永动机的秘密。在此期间，哈洛克率领船员向地球挺近，而联合舰队则在太阳系布下天罗地网阻挡他的步伐。遥远的故土，失落已久的真相，令所有人为之震惊。《宇宙船长哈洛克》是部反映多主题的动画片，观众可从中观察到现实的真实生活也可看到不忘初心的那份勇敢。《宇宙船长哈洛克》完美的诠释了一个美丽的童话，也是一个现实的童话，营造了一个乌托邦式的社会，这部动画是导演最出色的佳作。故事简单但打动人心，传递着满满正能量的情感，《宇宙船长哈洛克》有着对爱的探讨，童稚之爱的原则是：“因为我爱，所以我爱。”成熟之爱的原则是：“因为我爱，所以我被爱”。侧面反映出了勇敢的品质会得到奇异世界的尊重。