本剧讲述了警视厅搜查一课特搜班以5年前杀害巡查部长夫妻和1年前杀害警部补的罪名逮捕了暴力团体龙丸会会长田野崎。虽然案件还在审讯阶段，但特搜班主任直树对田野崎如此坦率地招供了所有罪行的态度感到十分费解。与此同时，警视厅审议官神宫寺(名取裕子)也拜访了特搜班，并与警视总监· 神田川商量事情。神宫寺希望特搜班的直树等人可以对被持刀男子袭击的大学后辈、检察厅检察长小柳进行保护。但班长宗方总觉得桃子在隐瞒什么……《特搜9第二季》通过描写亲情、友情、懵懂恋情的互相交织的一群年少开始的朋友，剧情诙谐有趣，曲折离奇，甚至有点离谱，主角互相试探互相靠近，碰撞出了一连串或搞笑、或惊喜、或感动的故事，最终学会爱与成长。