连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。《机动警察：废弃物13号》是部设定相当疯狂的动画片，观众可从中观察到现实的真实生活也可看到对真善美的传递和描述。《机动警察：废弃物13号》完美的诠释了一个美丽的童话，也是一个现实的童话，营造一个光怪陆离的世界，这部动画是导演最完美的佳作。故事简单但打动人心，传递着满满正能量的情感，《机动警察：废弃物13号》有着对爱的探讨，爱作为一种情感，本身很难有一个精确的定义，主角从一开始的冷漠、自私、怯懦，逐渐变成了一个懂爱的女孩，她忍耐、恩慈、包容，这些都是爱所包含的元素。侧面反映出了勇敢的品质会得到奇异世界的尊重。